SMA Muhammadiyah Borobudur mempersiapkan generasi muda berbakat dengan memberikan bekal pengetahuan tentang peluang bisnis, digital marketing, dan penciptaan lapangan pekerjaan, yang semuanya berlandaskan dasar-dasar ilmu kewirausahaan. Entrepreneur Class ini diikuti oleh semua siswa dan diharapkan dapat merangsang kemampuan mereka untuk berpikir kreatif dan berperilaku inovatif dalam menghadapi tantangan hidup di era Industri 4.0. Program ini juga bertujuan memberikan bekal awal kepada siswa sebelum mereka menjadi pelaku start-up baru. Dengan pendidikan kewirausahaan yang kuat, siswa diharapkan mampu menghadapi dinamika dunia bisnis, menciptakan peluang usaha, dan berkontribusi dalam dunia industri yang terus berkembang.

SMA Muhammadiyah Borobudur membuka 3 kelas pilihan untuk memenuhi kebutuhan siswa. Kelas Reguler menawarkan kurikulum nasional dengan full day school, pembiasaan islami, ekstrakurikuler life skills, pendampingan kuliah dan kerja, serta kunjungan ke kampus dan industri. Kelas Unggulan memberikan program serupa dengan kelas reguler, namun khusus untuk siswa berprestasi di bidang akademik, dilengkapi dengan program tambahan seperti English Camp, Tahsin, Tahfidz, dan penguatan mata pelajaran. Kelas Khusus Olahraga ditujukan untuk siswa berbakat di bidang olahraga, dengan pelatihan intensif setiap hari, pelatih khusus cabang olahraga, serta persiapan untuk tanding dan turnamen.